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Instructions d’utilisation de la sonde 911plus et LADCP

Publié le dimanche 14 août 2005.


Dernière mise à jour : 03/03/2011


Préliminaire

La sonde est équipée en standard d’un capteur de pression de marque Paroscientific et de 2 jeux de capteurs de température SBE03 et conductivité SBE04 qui sont régulièrement étalonnés chez SeaBird. Des capteurs supplémentaires peuvent être installé en fonction des besoins.

Habituellement nous utilisons un ou deux capteurs d’oxygène SBE43 plus éventuellement un fluorimètre (WetStar, Chlam, Seatech).

L’ensemble des instruments sonde + carousel est relié au navire par un câble électroconducteur permettant d’acquérir les données lors du profil à une cadence de 24 mesures par secondes.

Pour la préparation de la sonde, se reporter au document technique CTD911plus Manual and repair.

La présente notice décrit le mode opératoire utilisé lors des dernières campagne EGEE1&2 dans le golfe de Guinée en juin 2005 sur le N/O Le Noroit. Elle est disponible au format PDF à la fin du document.


Caractéristiques

En standard, la sonde est livrée avec les équipements suivants :

Pour la préparation de la sonde, se reporter au document technique CTD9/11 Manual and repair.


Utilisation

Préparation de la bathysonde :

Mise à l’eau, démarrage de l’acquisition

La position est entrée manuellement ou automatiquement par le logiciel lorsque l’unité de pont est connectée à une sortie GPS au format NMEA183.

Remontée


Traitement des données brutes

Les programmes se trouvent sous c :\program files\seabird\.. et les données sous c :\seasoft\egee1\data.

Les fichiers de configuration et d’étalonnage se trouvent sous c :\seasoft\egee1. Nous allons utiliser un fichier de traitement egee1.batch qui sera lancé par le programme sbebatch. Ce dernier va appeler respectivement les programmes datcnv, filter, alignctd, loopedit, derive, binavg, asciiout (voir documentation Seasoft-win32 page 15).

Le traitement des stations se fera en utilisant un fichier batch process.bat contenant la ligne suivante :

"C:\Program Files\Sea-Bird\SBEDataProcessing-Win32\SBEBatch.exe" c:\seasoft\egee1.batch ege1%1 %2

Le fichier egee1.batch contiendra les lignes suivantes :

@
@ conversion pour ladcp dans fichier cnv ascii
@
datcnv /f%1-ladcp.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.dat /oc:\seasoft\egee1\data-ladcp /pc:\seasoft\egee1\datcnv_ladcp.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
@derive /f%1-ladcp.cnv /ic:\seasoft\egee1\data-ladcp\%1-ladcp.cnv /oc:\seasoft\egee1\data-ladcp /pc:\seasoft\egee1\derive_adcp.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
@asciiout /f%1-ladcp /ic:\seasoft\egee1\data-ladcp\%1-ladcp.cnv /oc:\seasoft\egee1\data-ladcp /pc:\seasoft\egee1\ascii_out_ladcp.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
strip /f%1-ladcp.cnv /ic:\seasoft\egee1\data-ladcp\%1-ladcp.cnv /oc:\seasoft\egee1\data-ladcp /pc:\seasoft\egee1\strip-ladcp.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
trans /f%1-ladcp.cnv /ic:\seasoft\egee1\data-ladcp\%1-ladcp.cnv /oc:\seasoft\egee1\data-ladcp /pc:\seasoft\egee1\trans.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
@
@ on reprend le traitement de la station
@
datcnv /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.dat /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\datcnv.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
bottlesum /f%1.btl /ic:\seasoft\egee1\data\%1.ros /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\bottlesum.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
alignctd /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\alignctd.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
celltm /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\celltm.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
filter /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\filter.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
loopedit /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv  /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\loopedit.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
derive /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\derive_o2.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
binavg /f%1-bin5.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\binavg_bin5.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
binavg /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\binavg.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
derive /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\derive.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
derive /f%1-bin5.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1-bin5.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\derive.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
strip /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\strip.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
strip /f%1-bin5.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1-bin5.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\strip-bin5.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
trans /f%1-bin5.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1-bin5.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\trans.psa
@trans /f%1.cnv /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\trans.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
asciiout /f%1 /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\data /pc:\seasoft\egee1\ascii_out.psa /cc:\seasoft\egee1\data\%1.con
@
@ seaplot
seaplot /f%1 /a-O2 /ic:\seasoft\egee1\data\%1.cnv /oc:\seasoft\egee1\plots /pc:\seasoft\egee1\SeaPlot_O2.psa

Placer un raccourci de process.bat sur le bureau et modifier ses propriétés (onglet raccourci, champ « cible »), contenant la ligne suivante :

C:\seasave\process.bat ?

Le point d’interrogation permet d’ouvrir une boite de dialogue permettant la saisie du numéro de station. Ne fonctionne que sous Win9x. Avec XP, on remplacera le point d’interrogation par le numéro de station.

Lors de la mise en place de la chaîne de traitement, il est nécessaire d’exécuter manuellement chacun des programmes afin de générer puis de sauvegarder les fichiers de configuration (*.psa) dans le répertoire de travail (c :\seabird\egee1) dans cet exemple. On utilisera pour cela le deuxième argument du script process.bat avec comme valeur #w

C:\seasave\process.bat 001 #w

Traitement des données

Le traitement est basé sur un script PERL qui permet d’extraire les entêtes de stations et de générer en fonction du format de sortie des fichiers de données Seabird, des fichiers utilisables sous Matlab.

La dernière version génère un entête XML avec l’option —xml contenant également les coefficients de calibration.

Ce traitement fonctionne indifféremment sous Windows (avec cygwin), Linux ou Solaris.

Les données sont copiées sur un disque réseau à l’aide d’un fichier batch contenant les lignes suivantes (à adapter suivant votre configuration) :

echo "copy des fichiers sur \\serveur\data2 data-raw"
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.dat G:\pirata\data-raw\CTD
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.CON G:\pirata\data-raw\CTD\ege1%1.con
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.BL G:\pirata\data-raw\CTD\ege1%1.bl
echo "copy des fichiers sur \\su-triskell\data2 data-processing"
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.dat G:\pirata\data-processing\CTD\data
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.CON G:\pirata\data-processing\CTD\data\ege1%1.con
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.BL G:\pirata\data-processing\CTD\data\ege1%1.bl
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.ros G:\pirata\data-processing\CTD\data
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.btl G:\pirata\data-processing\CTD\data
copy c:\seasoft\egee1\data-ladcp\ege1%1-ladcp.cnv G:\pirata\data-processing\LADCP\data\ege1%1.cnv
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1-bin5.cnv G:\pirata\data-processing\CTD\data
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.asc G:\pirata\data-processing\CTD\data
copy c:\seasoft\egee1\data\ege1%1.hdr G:\pirata\data-processing\CTD\data\ege1%1.hdr
copy c:\seasoft\egee1\plots\ege1%1*.jpg G:\pirata\data-processing\CTD\plots

Traitement Perl

Il faut au préalable installer les modules Date::Manip et seawater. Se placer dans le répertoire de traitement et lancer le script. Sans argument, ce dernier affiche l’aide.

$ perl ctd-egee4.pl

usage: ctd-egee4.pl [options] <files>

Options:
   --help                 Display this help message
   --version              program version
   --debug=[1-3]          debug info
   --echo                 display filenames processed
   --cruise=<name>        give cruise name
   --ship=<ship_name>     ship name
   --institute=<name>     institute name
   --pi=<pi_name>
   --xml                  Force output to XML
   --instrument=<serial_number>
   --type=<instrument_type>

examples:
$ perl ctd-egee4.pl --cruise=EGEE4 --institute=IRD --ship='ANTEA' --instrument=09P10828 --type=SBE911+ --pi=xxxx data/ege4???.HDR --xml --echo

Cette dernière version utilise les paramètres de la ligne de commande pour la saisie des métadatas. On utilisera dans ce cas le script via un alias du shell (ctd par exemple) que l'on aura au préalable mis dans son fichier d'initialisation (.cshrc ou .bashr).
<code>
alias ctd='perl ctd-egee4.pl --cruise=EGEE4 --institute=IRD --ship="LE SUROIT" --type=SBE911+ --instrument=09P10828 --pi="nom_du_responsable" data/ege1???.hdr --xml --echo'

Pour une configuration différente des fichiers .hdr et .asc issus du traitement Seabird, il faudra modifier les lignes de lecture des entêtes et données (regexp et split) ainsi que la ligne de formattage en sorties (printf).

Code source du script ctd-egee4.pl


Visualisation des données

Lancer ensuite le programme Matlab et exécuter le script datagui.m

Sélectionner une campagne, le type de données (CTD) puis sélectionner avec le curseur graphique une station pour tracer les profils. Vérifier la chronologie des stations, la position et les entêtes, comparer avec les profils LEVITUS (T,S et O2).

Sources de datagui bientot sous CVS et documentation en cours de rédaction.


Documents et scripts utilisés lors des campagnes

Le document en PDF :

SBE911plus
Procédure d’utilisation de la sonde Seabird 911plus et LADCP

Campagne EGEE1 :

Fichiers EGEE1
Les scripts et fichiers de configuration utilisés pour le traitement des données (SbeProcessing) lors de la campagne EGEE1

Campagne EGEE2 :

Fichiers EGEE2

Campagne EGEE3 :

Fichiers EGEE3

Campagne EGEE4 :

Instructions CTD EGEE4
Scripts Seasoft EGEE4
Scripts LADCP EGEE4

Campagne EGEE5 :

Instructions CTD EGEE5
Scripts Seasoft EGEE5
Scripts LADCP EGEE5

Campagne EGEE6 :

Instructions CTD EGEE6
Scripts Seasoft EGEE6
Scripts LADCP EGEE6

Campagne FILAMENTOS :

Scripts d’acquisition et de traitements des sondes CTD Seabird 19+ et 911+ utilisées lors de la campagne Filamentos en février 2008 au Pérou

Campagne PIRATA-FR18 :

Instructions et formulaires FR18
Scripts acquisition-traitement CTD-ADCP FR18

Campagne PIRATA-FR19 :

Instructions et formulaires FR19
Scripts acquisition-traitement CTD-ADCP FR19

Campagne PIRATA-FR20 :

Instructions et formulaires FR20
Scripts acquisition-traitement CTD-ADCP FR20